Con el Internacional ganó el campeonato gaúcho en 2015; con Peñarol, se hizo de dos títulos de Liga en Uruguay (2003 y 2010); mientras que con el Al-Rayyan de Qatar vivió su época más prolífera en los banquillos, ganando la Copa de Qatar, la Copa del Emir de Qatar y en dos ocasiones la Copa del Jeque Jassem, entre 2012 y 2013.

Como jugador, Aguirre es recordado por su agónico gol con Peñarol en el minuto 120 de la tercera Final de la Copa Libertadores 1987 frente a América de Cali para la obtención del título de los Carboneros.

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