Como entrenador, tuvo bajo su mando al Real Oviedo entre 2016 y 2017; así como a La Furia Roja durante el Mundial de Rusia 2018, ante la intempestiva salida de Julen Loptegui.
Previo a tomar las riendas del seleccionado español, Bubu era director deportivo de la Real Federación Española de Futbol; previamente, entre 2011 y 2012 fue director general del Málaga.
