Sin embargo a pesar de sus logros, los 'Prietitos' también han sufrido cuatro descensos; el primero en la temporada 1970-71; el segundo en 1989-90 cuando jugaba en Querétaro; en el Verano 2000, pero que lograron evitar gracias a un juego de promoción ante Veracruz que terminaron por ganar y el cuarto, y más reciente, en el Clausura 2014.

Con poco más de seis años en la Liga de Plata los azulgranas han buscado retornar a Primera División y recuperar su prestigio, en el pasado torneo de la Liga de Expansión, perdieron la Final ante Tampico-Madero, que les hubiera dado medio boleto para la vuelta al Máximo Circuito y para este certamen clasificaron a la Liguilla en la que disputarán el Repechaje ante Cancún FC.

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