Hay varias historias sobre el porqué le dicen 'El Rebelde' a Jonathan Borja, pero la más popular es que Marcelo Zuleta le puso dicho apodo porque no seguía sus indicaciones cuando el nuevo elemento del Cruz Azul militaba en El Nacional de Ecuador. 

Otras versiones indican que le pusieron ese sobrenombre porque es una persona que tiene un carácter bastante complicado, lo cual fue desmentido por uno de los entrenadores que más minutos de juego le ha dado. 

Pablo Repetto explicó en entrevista con RÉCORD cómo es que juega Jonathan Borja, ya que lo dirigió durante 2018, cuando el mediocampista ofensivo de 25 años militaba en la Liga de Quito. 

“No (es conflictivo). Es un muy buen chico. No sé qué palabra usar para definirlo. Es encarador, tiene una forma de ser diferente a los demás”, aseguró.