La duda sobre la procedencia del dinero y los supuestos nexos del conjunto fresero con el narcotráfico fueron las razones por las que Irapuato desapareció en 2003, dejando sin futbol a la trinca, hasta que en 2005 los freseros volvieron, aunque no a Primera División.
Aunque Irapuato nunca se ha consagrado como campeón de la Liga MX, ni siquiera ha conseguido llegar a una final de la máxima categoría del futbol nacional, La Trinca se ha convertido en un equipo de culto, todo esto gracias a su afición y al ambiente que se vive en el Estadio Sergio León Chávez.
A pesar de su ausencia de campeonatos, Irapuato se ha distinguido por ser una franquicia ganadora en la segunda división de nuestro país, levantando dicho trofeo en cuatro ocasiones, siendo el Clausura 2011 el último torneo donde lo consiguieron.
De esas cuatro ocasiones, La Trinca solo consiguió ascender (deportivamente hablando) en 1999 y en el 2003, en la primera, por ser bicampeones, ascendieron de forma directa, y en la segunda, donde vencieron a León en la Final del Ascenso.
Irapuato, en la máxima competencia, ostenta el subcampeonato de Copa MX en su edición 1955-1956, donde cayeron en la Final frente a los Diablos Rojos de Toluca.
Uno de los jugadores históricos del futbol mexicano que vistió la playera de La Trinca, fue Cuauhtémoc Blanco, quien jugó en Irapuato de 2010 al 2011.
